Tháng 7/1165, Thiên hoàng Nijō thoái vị và con trai chính thức lên ngôi[5], lấy hiệu là Thiên hoàng Rokujō. Ông cải niên hiệu của cha thành niên hiệu Eiman nguyên niên (1165-1166).

Cũng như cha mình, Thiên hoàng Rokujō hầu như không có quyền lực gì. Mọi quyền lực của Nhật Bản lọt vào tay của người ông là Pháp hoàng Go-Shirakawa và nhất là Taira no Kiyomori, kẻ thao túng toàn nước Nhật Bản.

Tháng 3/1168, Thiên hoàng Rokujō bị lật đổ bởi ông nội của ông, Go-Shirakawa[6]. Người kế thừa ngôi vua lại là người chú của Thiên hoàng. thân vương Norihito. Thân vương sẽ lên ngôi và lấy hiệu là Thiên hoàng Takakura.

Kugyō

1. Sesshō, Konoe Motozane, 1143-1166.
2. Sesshō, Matsu Motofusa, 1144-1230.
3. Daijō daijin, Fujiwara Koremichi 1093-1165.
4. Daijō daijin, Taira Kiyomori, 1118-1181.
5. Tả đại thần, Matsu Motofusa.
6. Tả đại thần, Ōimikado Tsunemune, 1119-1189.
7. Hữu đại thần, Kujo Kanezane, 1149-1207.
8. Nadaijin, Fujiwara Tadamasa.
9. đại nạp ngôn

nengō.

• Eiman (1165-1166)
• Nin'an (1166-1169)